NR1H4

NR1H4
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

1OSH, 3BEJ, 3DCT, 3DCU, 3FLI, 3FXV, 3GD2, 3HC5, 3HC6, 3L1B, 3OKH, 3OKI, 3OLF, 3OMK, 3OMM, 3OOF, 3OOK, 3RUT, 3RUU, 3RVF, 3P88, 3P89, 4OIV, 4WVD, 4QE6, 4QE8

Ідентифікатори
Символи NR1H4, BAR, FXR, HRR-1, HRR1, RIP14, nuclear receptor subfamily 1 group H member 4, PFIC5
Зовнішні ІД OMIM: 603826 MGI: 1352464 HomoloGene: 3760 GeneCards: NR1H4
Реагує на сполуку
chenodiol, fexaramine, obeticholic acid, (E)-guggulsterone[1]
nidufexor[2]
Онтологія гена
Молекулярна функція

GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
sequence-specific DNA binding
DNA binding
GO:0001106 transcription corepressor activity
GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
GO:0001105 transcription coactivator activity
zinc ion binding
GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
зв'язування з іоном металу
retinoid X receptor binding
steroid hormone receptor activity
bile acid binding
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
nuclear receptor binding
transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding
chenodeoxycholic acid binding
GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding
RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity
bile acid receptor activity
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
transcription factor binding
nuclear receptor coactivator activity
signaling receptor activity

Клітинна компонента

нуклеоплазма
клітинне ядро
RNA polymerase II transcription regulator complex

Біологічний процес

Сигнальний шлях Notch
cellular triglyceride homeostasis
cellular response to organonitrogen compound
regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus
positive regulation of ammonia assimilation cycle
toll-like receptor 4 signaling pathway
процес імунної системи
histone H3-R17 methylation
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
positive regulation of glutamate metabolic process
intracellular bile acid receptor signaling pathway
negative regulation of apoptotic process
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
transcription, DNA-templated
regulation of low-density lipoprotein particle clearance
regulation of bile acid biosynthetic process
regulation of cholesterol metabolic process
regulation of urea metabolic process
intracellular receptor signaling pathway
negative regulation of bile acid biosynthetic process
cellular response to fatty acid
bile acid and bile salt transport
nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter
transcription initiation from RNA polymerase II promoter
inflammatory response
вроджений імунітет
GO:0072468 сигнальна трансдукція
steroid hormone mediated signaling pathway
fatty acid homeostasis
GO:1903106 positive regulation of insulin receptor signaling pathway
cellular response to lipopolysaccharide
negative regulation of interleukin-2 production
positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus
negative regulation of inflammatory response
glucose homeostasis
negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity
positive regulation of adipose tissue development
cell-cell junction assembly
toll-like receptor 9 signaling pathway
negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production
bile acid metabolic process
negative regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling
negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway
defense response to bacterium
negative regulation of interleukin-1 production
negative regulation of tumor necrosis factor production
negative regulation of interleukin-6 production
triglyceride homeostasis
negative regulation of interferon-gamma production
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
bile acid signaling pathway
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process
cholesterol homeostasis
lipid metabolism
multicellular organism development
диференціація клітин
lipid homeostasis
cellular glucose homeostasis

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
9971
20186
Ensembl
ENSG00000012504
ENSMUSG00000047638
UniProt
Q96RI1
Q60641
RefSeq (мРНК)
NM_001206977
NM_001206978
NM_001206979
NM_001206992
NM_001206993
NM_005123
NM_001163504
NM_001163700
NM_009108
NM_001385711
RefSeq (білок)
NP_001193906
NP_001193907
NP_001193908
NP_001193921
NP_001193922
NP_005114
NP_001193906.1
NP_001193908.1
NP_001156976
NP_001157172
NP_033134
NP_001372640
Локус (UCSC) Хр. 12: 100.47 – 100.56 Mb Хр. 10: 89.29 – 89.37 Mb
PubMed search [3] [4]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

NR1H4 (англ. Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 486 амінокислот, а молекулярна маса — 55 914[6].

Послідовність амінокислот
1020304050
MVMQFQGLENPIQISPHCSCTPSGFFMEMMSMKPAKGVLTEQVAGPLGQN
LEVEPYSQYSNVQFPQVQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRR
MPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYN
ALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLRKCKEM
GMLAECMYTGLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTT
KSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLI
LTEMATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIF
NKKLPSGHSDLLEERIRNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLT
AIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGR
LTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, рецепторів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як імунітет, вроджений імунітет, транскрипція, регуляція транскрипції, запальна відповідь, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Kanaya E., Shiraki T., Jingami H. (2004). The nuclear bile acid receptor FXR is activated by PGC-1alpha in a ligand-dependent manner. Biochem. J. 382: 913—921. PMID 15202934 DOI:10.1042/BJ20040432
  • Neimark E., Chen F., Li X., Shneider B.L. (2004). Bile acid-induced negative feedback regulation of the human ileal bile acid transporter. Hepatology. 40: 149—156. PMID 15239098 DOI:10.1002/hep.20295
  • Pineda Torra I., Freedman L.P., Garabedian M.J. (2004). Identification of DRIP205 as a coactivator for the Farnesoid X receptor. J. Biol. Chem. 279: 36184—36191. PMID 15187081 DOI:10.1074/jbc.M405126200
  • Hirokane H., Nakahara M., Tachibana S., Shimizu M., Sato R. (2004). Bile acid reduces the secretion of very low density lipoprotein by repressing microsomal triglyceride transfer protein gene expression mediated by hepatocyte nuclear factor-4. J. Biol. Chem. 279: 45685—45692. PMID 15337761 DOI:10.1074/jbc.M404255200
  • Ananthanarayanan M., Li S., Balasubramaniyan N., Suchy F.J., Walsh M.J. (2004). Ligand-dependent activation of the farnesoid X-receptor directs arginine methylation of histone H3 by CARM1. J. Biol. Chem. 279: 54348—54357. PMID 15471871 DOI:10.1074/jbc.M410021200

Примітки

  1. Сполуки, які фізично взаємодіють з Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  2. Сполуки, які фізично взаємодіють з Farnesoid X nuclear receptor переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  3. Human PubMed Reference:.
  4. Mouse PubMed Reference:.
  5. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:7967 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
  6. UniProt, Q96RI1 (англ.) . Архів оригіналу за 5 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 12
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

 
Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
 
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
 
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
 
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
 
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
 
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші