Otwarta ramka odczytu

 Ten artykuł od 2012-12 zawiera treści, przy których brakuje odnośników do źródeł.
Należy dodać przypisy do treści niemających odnośników do źródeł. Dodanie listy źródeł bibliograficznych jest problematyczne, ponieważ nie wiadomo, które treści one uźródławiają.
Sprawdź w źródłach: Encyklopedia PWN • Google Books • Google Scholar • Federacja Bibliotek Cyfrowych • BazHum • BazTech • RCIN • Internet Archive (texts / inlibrary)
Po wyeliminowaniu niedoskonałości należy usunąć szablon {{Dopracować}} z tego artykułu.

Otwarta ramka odczytu lub ORF (z ang. Open Reading Frame) – część sekwencji nukleotydów między kodonem START (AUG) a kodonem STOP, włącznie z odcinkami niekodującymi[1]. Jest odcinkiem DNA, który nie zawiera kodonu terminacyjnego przed utworzeniem kompletnego polipeptydu[2], czyli potencjalnie może ulec translacji na białko[3][4].

ORF-y odnajduje się zwykle podczas przeczesywania sekwencji DNA przy poszukiwaniu potencjalnych genów. Dla różnych organizmów, z powodu różnorodności sekwencji 'START', istnieją zatem różne ORF-y. Typowy algorytm poszukiwania ORF uwzględni zatem genom danego organizmu (łącznie z możliwymi jego odmianami) i wyszuka wszelkie możliwe ORF (z czego nie wszystkie muszą być prawidłowe).

W rzeczywistości obecność ORF, szczególnie długiego, jest zazwyczaj dowodem na obecność genu, gdzieś w okolicznej sekwencji. W takim wypadku ORF jest częścią sekwencji kodującej, podlegającej translacji przez rybosomy. Jednak można spotkać także ORF-y niebędące częścią genu – zazwyczaj są one krótkie i kończą się zaledwie po kilku kodonach.

Po sekwencjonowaniu genu jest bardzo ważne, żeby wyznaczyć jego ORF. Dla organizmów z dwuniciowym DNA jego sekwencja może być odczytana na sześć różnych sposobów – trzy na nici wiodącej i trzy na nici opóźnionej. Zazwyczaj najdłuższa sekwencja, nie przerwana kodonem 'STOP' w obrębie genu, jest jego ORF-em. Jakkolwiek sprawdza się to dla prokariontów, u eukariontów sprawa komplikuje się, gdyż ich geny zawierają długie sekwencje niekodujące – introny. ORF dla takich genów odnajduje się badając zazwyczaj mRNA będące ich produktem.

Zobacz też

Przypisy

  1. ↑ Open Reading frame and its significance [online], www.scfbio-iitd.res.in [dostęp 2018-07-03] .
  2. ↑ Medical Definition of OPEN READING FRAME [online], www.merriam-webster.com [dostęp 2018-07-03]  (ang.).
  3. ↑ BartłomiejB. Kaczorowski BartłomiejB., Nowa encyklopedia powszechna PWN: Pri-Sud, Wydawn. Nauk. PWN .
  4. ↑ Definition of Open reading frame, „MedicineNet” [dostęp 2018-07-03]  (ang.).

Linki zewnętrzne

  • NCBI ORF finder – narzędzie do przewidywania i analizowania otwartych ramek odczytu z sekwencji nukleotydowej